Lo spazio espositivo si sviluppa lungo un itinerario di visita che ripercorre le principali problematiche storiche e culturali della colonia greca e del suo territorio. Nella saletta d’ingresso pannelli didattici introducono alla storia e alla topografia della colonia, mentre uno spazio espositivo è dedicato alla Phiale Aurea, forse dalla zona di Caltavuturo, preziosa coppa in oro utilizzata per le offerte agli Dei, e al medagliere. La visita procede nel “livello superiore” dove sono esposti elementi architettonici ed offerte votive dal Temenos di Athena, sulla città alta. Il “livello centrale” è dedicato agli oggetti di “cultura materiale” provenienti dagli scavi realizzati nei vari settori dell’abitato. Il “livello inferiore” accoglie una selezione di vasi e di corredi dalle necropoli; una sezione è dedicata ad importanti siti del comprensorio territoriale di Himera, quali Terravecchia di Cuti, Monte Riparato, Mura Pregne/Brucato, Cefalù e all'esposizione di reperti subacquei. La visita si conclude con il mosaico policromo, di tradizione africana, rinvenuto nella villa romana di Settefrati, situata su un costone a strapiombo sul mare, ad Ovest di Cefalù.