La Sala Araba è stata costruita su una struttura preesistente alla chiesa, probabilmente una moschea di cui faceva parte anche un portico individuato all’esterno della parete meridionale della navata. Durante i restauri del 1880 fu portato alla luce, a destra del transetto della chiesa, un più antico edificio islamico, con una sala rettangolare, un portico e un cortile scoperto. Non ne è certa la funzione, se di vera e propria moschea o di semplice sala di preghiera; dei pilastri e delle colonne che dividevano il suo interno restano solo le basi. Le finestre esterne erano a feritoia e quelle interne ad ogiva. Il soffitto era coperto da volte a crociera ogivali. In epoca normanna, e anche successivamente, la sala fu adibita ad usi religiosi cristiani. Lo provano gli affreschi medievali superstiti (La Madonna in trono tra S. Giovanni benedicente e S. Giacomo o Ermete), sulla cui esatta datazione non c’è però accordo. Del portico, perpendicolare alla sala, restano tracce nel muro sul lato destro della chiesa. Il recinto scoperto, in epoca normanna venne utilizzato come cimitero per i membri della corte.

Dal diaconicon della chiesa si accede a una sala rettangolare (m 14,78 x m 5,62), coperta da tre grandi volte a crociera, la cui configurazione volumetrica risale al XVI secolo. Questa sale è stata costruita su una struttura preesistente alla chiesa i cui resti furono rinvenuti da Patricolo che ipotizzò appartenessero alla sala di preghiera di una piccola moschea. Di quest’ultima, secondo l’architetto, faceva parte anche un portico individuato all’esterno della parete meridionale della navata. Patricolo lasciò a vista le strutture rinvenute e sulle pareti perimetrali della sala si osservano le tracce di due file di cinque volte a crociera, a 4,50 metri circa dall’attuale pavimento; il loro disegno sulle pareti ci restituisce solo parzialmente la spazialità dell’ambiente piu antico che in origine era piu lungo di quello attuale ( 17,86x5,62 metri); le sue due navate infatti erano formate da sei volte a crociera ciascuna, ma lo spazio delle prime due campate settentrionali venne utilizzato per inserirvi il diaconicon della chiesa; dalla passarella nel presbiterio è possibile vedere la fondazione della demolita parete settentrionale, che si allineava a quella meridionale della navata. Le volte di questa sala preesistente scaricavano su pilastri centrali che esistono, ancora in parte, sotto il pavimento attuale per l’altezza di almeno 1,70 metri; non è stato possibile rilevare con esattezza le loro dimensioni sino alle fondazioni poiché sotto la sala, come del resto del giardino adiacente, esistono numerosi ingrottati, difficilmente esplorabili. Al centro di ogni arcata si inserisce il profilo di una finestra ogivale che contiene una sottile feritoia strombata verso l’esterno. Sulla campata centrale della parete orientale un affresco in pessimo stato di conservazione raffigura una madonna con due santi a lato. Si adatta al profilo dell’arcata, chiudendone la feritoia. È databile al secolo XIII, per i contorni neri delle figure, le pieghe delle vesti, la posizione frontale che evocano gli affreschi e i tratti dei disegni preparatori dei mosaici bizantini. La Madonna è seduta su un trono riccamente dipinto, da cui scende un drappo ricamato con decorazioni simili a quelle del trono. Forse teneva in braccio un bambino, perché sopra il suo ginocchio si intravede un piccolo piede. Il santo a nord è San Giovanni Evangelista, senza barba, con il rotolo del Vangelo nella mano sinistra e la mano destra nell’atto di benedire; il santo a sud con i capelli neri e la barba, la mano destra posata in atto di reverenza al petto, con bastone in quella di sinistra e la borsa pendente al fianco è stato identificato da alcuni con sant’Ermete e da altri con San Giacomo Apostolo; due santi sant’Ermete e san Giovanni Evangelista nei quali alcuni studiosi, che localizzano in questo stesso sito un monastero fondato da Papa Gregorio Magno, hanno voluto riconoscere un segno di continuità tra il più antico monastero gregoriano e quello voluto da Ruggero II per gli Eremiti di Montevergine. Tracce di scritture, di caratteri e di fregi disegnati in rosso ocra sono sparse nella parte bassa della muratura della stessa parete e su quella opposta, e sono riferibili all’uso cimiteriale cui sono stati adibiti in passato sia questo ambiente che il giardino contiguo, con i numerosi ingrottati ivi esistenti. La porta di ingresso sul giardino, che si trova sulla parete occidentale della sala, è inquadrata da elementi decorativi a stucco, due parastre su alti plinti e un architrave modanato concluso da volute, che appartenevano al portale di una cappella barocca dedicata a San Giovanni Evangelista, che si apriva sull’angolo della parete occidentale del vano cinquecentesco. Insieme a questo a questo ambiente, demolito per “liberare” le strutture ritenute di età araba scoperte da Patricolo, venne eliminata anche un’altra cappella attigua, dedicata alla vergine, in cui si entrava dalla parete occidentale del diaconicon. Nel giardino, sul lato sud della navata si ossrvano i resti “liberati” da Patricolo, dopo la demolizione delle cappelle, appartenenti a quattro delle cinque crociere che formavano il portico della presunta moschea. In questa parete, utilizzata in epoca normanna per la costruzione della chiesa, si osserva una feritoia occlusa dall’arcone ogivale che separa la navata in due campate; sul prospetto occidentale della chiesa è possibile rilevare lo spessore e l’altezza di questa parete.