La Casa del Priore è un corpo di fabbrica autonomo che si sviluppa su due livelli dei quali quello superiore si trova alla stessa quota del chiostro. Il piano inferiore è suddiviso in quattro ambienti coperti dalla successione di volte reali, la prima a botte lunettata e le rimanenti a crociera, poggianti su robusti archi trasversali. Per le loro caratteristiche queste volte sono ascrivibili al pieno Cinquecento. L’ambiente di fondo è stato parzialmente ricavato nella roccia che lo delimita sui lati meridionale e occidentale. Discesi alcuni gradini, un piccolo cunicolo sulla sinistra della parete si inoltra nella roccia dando accesso a un ingrottato ubicato in corrispondenza dell’angolo nord-est del chiostro dove si trovava una fonte. L’accesso al cunicolo è sormontato da una porzione di arco che poggia sul banco roccioso e che sostiene una parete in conci di calcarenite di piccolo modulo, ben squadrati sulla faccia esposta. Si tratta dei resti di strutture appartenenti in origine al monastero normanno ricadenti in prossimità del corpo di fabbrica che ospitava il dormitorio dei monaci, ora occupato dal giardino. Al livello superiore si accede dalla corsia settentrionale del chiostro. Questo piano è suddiviso in tre ambienti disposti in successione e coperti da volte a padiglione con struttura a incannucciato. Questi ambienti hanno goduto di particolare attenzione nel XVIII secolo posta, oltre che nella ricercata decorazione delle volte a stucco e ad affresco, anche nella ornamentazione dei sovralzi delle porte su cui sono sviluppati temi prevalentemente paesaggistici. Sul lato orientale due grandi aperture illuminano gli ambienti verso il giardino. Aperture diverse per forme e dimensioni caratterizzano il prospetto orientale del corpo di fabbrica , tra queste oltre alla piccola finestra e ai balconi a petto realizzati in corrispondenza degli ambienti del secondo livello, ai piedi dell'edificio si nota parte di un grande arco ogivale contornato da una cornice sagomata e un varco di forma regolare di più recente esecuzione. La muratura di tutto l’edificio è notevolmente manomessa con evidenti parti realizzate in conci di tufo di grandi dimensioni e inserti murati di varia provenienza. Su questo fronte si attestavano alcuni ambienti del convento che sfruttavano a quote diverse il grande dislivello esistente fra lo spazio oggi occupato dal giardino e il soprastante chiostro. Adiacenti all’ingrottato presente in corrispondenza dell’angolo nord-est del chiostro si trovano le strutture residue di un ambiente a pianta trapezoidale delimitato a livello inferiore da due grandi archi acuti, a Est e a Nord, la cui giacitura è chiaro indizio di un piano d'uso più basso e corrispondente con la quota del livello inferiore della Casa dell’Abate. Traccia di un uso prolungato di queste strutture - su cui si adagia - è la parete ortogonale alla facciata orientale del corpo di fabbrica della Casa del Priore che, mutilata dell'originario contesto, conserva due bifore aperte nel vuoto databili al XIV secolo.

I tre ambienti di cui è composta la “Casa del Priore ' sono disposti in successione in asse con le porte di accesso. La loro distribuzione risale probabilmente alla seconda metà del XVIII secolo. La decorazione interna è legata all'ambiente culturale palermitano tardo-barocco. Le volte degli ambienti sono affrescate in maniera distinta: la seconda sala con motivi ornamentali che emulano gli stucchi decorativi, dipinti su uno sfondo con sembianze di un tessuto; il terzo ambiente presenta una decorazione complessa (opera di due distinti autori) dove al centro è raffigurato Il Trionfo della Divina Sapienza, realizzato da un allievo del pittore palermitano Gaspare Serenario (1707-1759), contornato sui bordi e fino alla cornice da stucchi di colore bianco. Anche le sovrapporte sono partecipi del programma decorativo, dipinte su entrambe le facce con scene di paesaggi con edifici che non hanno alcun riferimento a luoghi e architetture reali.